O programa PanDrugs2 busca os fármacos máis eficaces para o cancro de cada paciente

A medicina “de precisión” aspira a adaptar os tratamentos ás características de cada paciente. Neste senso, os estudos xenómicos ofrecen cada vez máis datos para logralo, pero precisamente esta abundancia dificulta a tarefa: o persoal médico debe interpretar numerosas alteracións xenéticas e só algunhas resultarán relevantes para diagnosticar o tipo e estadio de cada cancro e decidir como tratalo. Para facilitar esa tarefa, persoal investigador do grupo de Sistemas Informáticos de Nova Xeración da Universidade de Vigo e da Unidad de Bioinformática do Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO) acaban de lanzar o programa informático PanDrugs2, que xera informes creados para ser de utilidade nas decisións clínicas.

O desenvolvemento de PanDrugs2 foi co-dirixido por Fátima Al-Shahrour, xefa da Unidad de Bioinformática do CNIO, e Daniel González Peña, da Universidade de Vigo e investigador do grupo de Sistemas Informáticos de Nova Xeración (SING Research Group) no CINBIO. Completa o equipo participante neste proxecto por parte do CNIO Elena Piñeiro, Gonzalo Gómez, Santiago García, Paula Gómez e Mª José Jiménez e por parte da UVigo Alba Nogueira, Hugo López e Miguel Reboiro. Contou con financiamento do Instituto de Salud Carlos III, Feder, Agencia Estatal de Investigación, Ministerio de Ciencia e Innovación e Xunta de Galicia.

Ránking de tratamentos para cada paciente

PanDrugs2, explican os seus promotores, analiza os datos xenómicos de cada paciente en busca das chamadas “dianas moleculares”, isto é, moléculas sobre as que actúan fármacos xa existentes. A plataforma calcula un sistema de puntuación para os xenes que resultan relevantes e outro para fármacos que puidesen actuar sobre eles. As puntuacións máis altas recíbenas os fármacos con maior evidencia científica de resultar efectivos fronte ás dianas terapéuticas detectadas nos pacientes. A partir desas puntuacións, a ferramenta xera un ránking de tratamentos para cada paciente. En conxunto, a plataforma manexa datos sobre 4642 xenes e 14.659 compostos químicos únicos e a partir desa información xerou 74.000 asociacións entre medicamentos e xenes.

O programa acaba de ser presentado na revista Nucleic Acids Research e está dispoñible de maneira gratuíta na rede. “PanDrugs2 pretende contribuír a consolidar a medicina de precisión na práctica clínica”, declara Gonzalo Gómez, investigador da Unidad de Bioinformática do CNIO e coautor do traballo. “Buscamos un formato de visualización clara e moi fácil de interpretar para os profesionais, pero exhaustiva. Queremos que todo o coñecemento dispoñible ata agora sexa útil nas consultas médicas”, afirma.

Segundo explican os seus responsables, PanDrugs2 mellora a plataforma PanDrugs, publicada fai cinco anos. Dela destacan que, por exemplo, é a primeira plataforma que ten en conta as mutacións herdadas (ou xerminais), ademais das orixinadas despois da concepción (ou somáticas), subliñando que esta é unha información esencial para o medicamento de precisión, porque as mutacións herdadas “son responsables de que a cantidade de medicamento necesaria varíe dun individuo a outro, ou de que unha substancia resulte máis efectiva que outra”, tal e como explica Gonzalo Gómez. En canto á información relativa aos medicamentos, PanDrugs2 cualifícaos segundo o tipo de enfermidade para os que están indicados, as resistencias que puidesen xerar ou a fase clínica en que se atopan (en ensaio, aprobación en EEUU ou en Europa, tratamentos experimentais, etcétera).

Sobre a participación da UVigo neste proxecto, Daniel González detalla que “nós encargámonos da parte máis do software bioinformático en si, é dicir, de implementar o algoritmo que o CNIO propón para, a partir de información multi-ómica do paciente, obter a lista priorizada de fármacos. Neste sentido, o noso reto consiste en manexar unha gran base de datos, a xestión dos experimentos de análises de variantes xenómicas que se executan no servidor de PanDrugs2, así como da implementación da interface de usuario web de fácil manexo, que se encarga de mostrar os resultados e xerar informes para o usuario”.

Gratuíto e de código aberto

O programa é gratuíto e de código aberto. Dada a súa gran utilidade para a investigación, comentan os seus responsables, ofrece dous modos de consulta. O modo clínico, dirixido ao persoal médico, inclúe nos seus resultados medicamentos aprobados e/ou en fase de ensaio clínico. O modo de descubrimento, dirixido a persoal científico, ten en conta dianas terapéuticas directas (xenes mutados) e indirectas (outros xenes que tamén participan no desenvolvemento da enfermidade) e contempla tamén tratamentos experimentais. A nova versión actualízase de forma semiautomática e máis rápida: “Pasamos de actualizar en semanas a uns poucos días. Iso fai que o mantemento e a publicación de novas versións resulten aínda máis sinxelos”, asegura Gómez López.